La Innovación se ha convertido en uno de los principales pilares sobre los cuales la Unión Europea quiere sustentar su desarrollo. A consecuencia de ello, la realización de estudios de Benchmarking sobre Política de Innovación constituye uno de los principales focos de atención en la bibliografía sobre Innovación. En este contexto, se están creando diversas metodologías para la medición de la Capacidad de Innovación Regional. El objetivo de este artículo consiste en analizar algunas de las metodologías existentes así como los Indicadores empleados, identificando sus principales carencias, y tratando de ofrecer nuevas perspectivas en la determinación de la capacidad de los Sistemas de Innovación. El artículo aborda el estudio de la I+D y la Innovación de las regiones españolas para el período 1996?2001. Algunos de los escollos encontrados en los análisis estadísticos realizados, radican por un lado en la cantidad de variables que intervienen, y por otro en la interpretación de su significado. Además, los cambios de criterio adoptados por los Institutos de Estadística dificultan la realización de series temporales, mientras que el uso de idénticos criterios para la medición de la capacidad innovadora de territorios muy diferentes es calificado como una deficiencia de consideración.