Las universidades están cambiando sus estrategias en función del cumplimiento de sus tres principales misiones: docencia, investigación y transferencia de conocimiento. Esta diferenciación ha propiciado un aumento de la heterogeneidad del sistema universitario español. Sin embargo, a pesar de dicha diferenciación, se continúa evaluando a las universidades en función de su posición jerárquica acorde a rankings definidos, usualmente, con indicadores simples, no respondiendo a la visión multidimensional que caracteriza a la universidad de hoy en día. En este contexto, resulta necesario indagar acerca de una agrupación alternativa para las universidades que responda a la diversidad del sistema. En este trabajo, aplicamos el análisis multidimensional fuzzy cluster para representar de forma más flexible la realidad compleja que caracteriza al sector universitario. El trabajo ha permitido identificar tres grupos de universidades dependiendo del grado de desarrollo de sus tres principales misiones, si bien se observa que algunas universidades están incluidas en dos grupos diferentes al mismo tiempo.