El establecimiento de forma generalizada de las relaciones entre la universidad y la empresa ha abierto un campo de estudio de gran interés, centrado en los efectos que tales relaciones pudiesen tener sobre las misiones universitarias tradicionales, especialmente sobre la investigación. En este artículo se analiza si las relaciones universidad empresa (RUE) inhiben la productividad científica de los profesores universitarios. El estudio empírico toma como caso de análisis las dos universidades más importantes de la Comunidad Valenciana- España. La muestra final está conformada por 2034 profesores, de los que se tiene información para el periodo 1999-2004. Los resultados obtenidos indican que el efecto de las relaciones universidad-empresa sobre la productividad científica del profesor esta condicionado por el tipo de actividad de vinculación y las características del socio con el que se establece dicha relación.