En los últimos años se ha estimulado a las universidades para que adopten una nueva misión, relacionada con la aplicación y explotación del conocimiento y de otras capacidades universitarias, fuera del ámbito académico. Esta nueva misión ha incrementado las relaciones entre la universidad y su entorno socioeconómico, y ha abierto un campo de debate de gran interés, centrado en los potenciales conflictos y beneficios que tales relaciones pueden tener sobre el desarrollo de las misiones tradicionales, especialmente la investigación. En este sentido, la cuestión central que emerge en este campo es si la universidad es la institución adecuada para transferir y comercializar el conocimiento, no porque dicha función sea incompatible con la de crear conocimiento, sino porque se ejerce con un coste que puede resultar excesivo (David et al. 1994). En el marco descrito se inserta la presente tesis que tiene como objetivo principal evaluar empíricamente el efecto de las relaciones universidad-empresa sobre la segunda misión universitaria. El estudio empírico toma como caso de análisis las dos universidades más importantes de la Comunidad Valenciana- España. La muestra final está conformada por más de 2000 profesores, de los que se tiene información para el periodo 1999-2004. Los resultados más relevantes de esta investigación muestran que las actividades de RUE sólo ejercen un efecto positivo cuando están basadas en actividades con alto contenido científico tecnológico y hasta cierto nivel, a partir del cual se experimentan retornos marginales decrecientes del rendimiento científico. Adicionalmente, se encontró que el efecto positivo que ejercen los contratos de I+D sobre la producción científica, esta moderado por las características del socio con el que se establecen dichos contratos. Estos resultados tienen dos importantes implicaciones. Por una parte, muestran que el desarrollo de actividades rutinarias para la industria puede derivar en pobres indicadores de rendimiento científico, y por otra parte, advierten del peligro que tiene un énfasis exagerado en actividades de vinculación, aunque estén basadas en actividades de I+D. En términos generales, los resultados anteriores tienen una implicación importante en el diseño de las políticas universitarias. Si bien destacan que las RUE no penalizan per sela producción científica del docente, subrayan que el fomento indiscriminado de este tipo de actividades puede derivar en un menor rendimiento científico. En este sentido, emergen algunas preocupaciones con respecto al impacto negativo que pueden tener sobre la contribución científica de los investigadores universitarios, algunas políticas de fomento de la RUE tales como, la disminución de los fondos públicos para la investigación tradicional. El reto para las instituciones gubernamentales y las universidades en general, se encuentra en el diseño de políticas más selectivas orientadas a minimizar los conflictos entre las funciones y alcanzar un equilibrio adecuado entre las actividades de segunda y tercera misión, que aprovechen las complementariedades que se pueden generar entre ellas.