La bibliometría ha desarrollado con éxito métodos e indicadores útiles en la evaluación científica. Sin embargo, su validez se ha puesto en entredicho por su uso acrítico y sin tener en cuenta el contexto y los diferentes niveles de agregación necesarios. Por otra parte, es muy importante la calidad de las fuentes de datos, que deben caracterizarse por su exhaustividad y precisión. Los principales problemas que causan inquietud entre los investigadores son: el mal uso de los indicadores; la utilización del factor de impacto como indicador único en la comparación de áreas científicas, grupos e investigadores individuales; el recuento de citas fuera de su contexto; la penalización por el uso de autocitas; la necesidad de establecer una ventana temporal de citación adecuada en cada área; la coautoría y la posición en la firma; la necesidad de combinar los indicadores con métodos cualitativos; la publicación en revistas cuestionadas pero con niveles aceptables de impacto.